在治疗中面对灵性或宗教问题时，治疗师首先会产生这样的疑问：宗教与心理学（进一步，与科学）的关系如何？如果一种信仰是“非科学”的，治疗师还应该去尊重它吗？如果治疗师与来访者信仰不同，还能进行这方面的干预吗？等等。
　　在一篇回顾东西方“灵性心理学”文献的文章中，Miovic提出，任何一种世界观（有神论、无神论、不可知论）都可以和迄今为止的科学发现相容。换句话说，迄今为止的科学发现既可以被用来支持有神论的观点，也可以被用来支持无神论和不可知论的观点。例如，心灵感应（Braud, 2000；Standish 等，2003）既可以被用来支持“灵魂”的存在（有神论），也可以被假设为某种未知粒子的量子效应（无神论）。可知某些信仰包括治疗师的信仰只是一些未经科学验证的假设，是对来访者的信仰持尊重态度的基础。
　　另一方面，尊重并不意味着对某一信仰体系的教义和态度的全盘接受。灵性和心理学的整合是一把双刃剑，它固然加深了心理学对于人的认识，丰富了心理治疗的干预手段，但同时，它也改造了宗教，或者说，它使教徒们更加接近真正的宗教精神：宽容，和平，爱等。例如，Latter Day Saint（LDS）, 摩门教的一个分支，对自杀持严厉的谴责态度。其教义认为，人具有自由意志，因此一个人应对自己的行为负全部责任。 Bergin AE是一位LDS的虔诚信徒，同时也是实证取向的临床心理学家，是心理学与灵性整合潮流的先驱，他帮助LDS改变了以上态度。目前，LDS已普遍接纳这样的信念：因为受到基因、家庭环境、教育等诸多因素的影响，人并非是完全自由的，有时候人无法为自己的行为负完全的责任。人们对自杀的态度变得宽容了，而宽容正是基督教的真正精神之一。Bergin指出，无论从什么宗教视角去整合心理学，都得将心理学上的许多事实和发现包括进去，因为它们是在几十年的时间里由许多心理学家经过仔细研究得出的结论。目前，美国的新教主流教派都在用心理学来重塑它们的教义和实践。
　　由此看来，尊重而不盲目接受是治疗师对待信仰问题的基本态度。但如何划分保留与扬弃的界线？这正是心理学和灵性的整合所要解决的问题。